Certyfikat kwalifikowany jest elektronicznym znakiem rozpoznawczym, wiarygodnie potwierdzającym tożsamość użytkownika w sieci. Wystawiany jest przez podmiot wpisany do tzw. rejestru kwalifikowanych podmiotów świadczących usługi certyfikacyjne. Rejestr certyfikatów kwalifikowanych prowadzi minister właściwy do spraw podpisu elektronicznego (minister gospodarki), a z jego upoważnienia Narodowy Bank Polski, w którego strukturach znajduje się Narodowe Centrum Certyfikacji.

Wydawany certyfikat kwalifikowany zawiera co najmniej następujące dane:

• numer certyfikatu
• wskazanie, że certyfikat został wydany jako certyfikat kwalifikowany
• określenie podmiotu świadczącego usługi certyfikacyjne i państwa, w którym ma on swoją siedzibę
• imię i nazwisko lub pseudonim osoby składającej podpis elektroniczny
• dane służące do weryfikacji podpisu elektronicznego
• poświadczenie elektroniczne podmiotu świadczącego usługi certyfikacyjne
• oznaczenie początku i końca okresu ważności certyfikatu
• ograniczenia zakresu ważności certyfikacji, jeżeli są przewidziane w polityce certyfikacji
• ograniczenie najwyższej wartości granicznej transakcji, w której certyfikat może być wykorzystywany

Certyfikat kwalifikowany wykorzystywany w iBRE przez użytkowników ma podobne zastosowanie do tokena, zatem przy jego użyciu istnieje możliwość logowania się do platformy iBRE, jak również autoryzowania zleceń.

Aktualnie w Polsce działają trzy podmioty wystawiające certyfikaty kwalifikowane:

• PWPW (certyfikat Sigillum)
• KIR (certyfikat Szafir)
• UNIZETO (certyfikat Centrum)

Do współpracy platformą iBRE przystosowane są wszystkie certyfikaty kwalifikowane wydawane przez instytucje wpisane do rejestru kwalifikowanych podmiotów świadczących usługi certyfikacyjne.